####################################################################################
## MSI样本信息
msi_high_sample=`cat ${Qc_path}/Summary_Qc.tsv | grep -v Tumor | awk -F'\t' '{if($8 > 10)print $2}' | sort -u |\
tr '\n' '|' | sed 's/|$//'`
## 1个人突变数量极高3680
## 有POLL、POLE、POLR2A、POLD1的CDS突变,MSI为2.93
## 也认为是超突变
msi_high_sample=`echo "${msi_high_sample}|JRGC00009"`

cat ${config_path}/tumor_normal.class.bk.list | grep -E -w "ID|${msi_high_sample}" \
> ${config_path}/tumor_normal.class.MSI.list

####################################################################################
## 不考虑class，最标准的tumor+normal的格式
cat ${config_path}/tumor_normal.class.MSI.list | awk -F'\t' '{OFS=","}{print $3,$2}' \
> ${config_path}/tumor_normal.MSI.list

## IM的样本
im_sample=`cat ${config_path}/tumor_normal.class.MSI.list  | awk -F'\t' '{OFS="\t"}{if($4=="IM")print $3 }' | \
tr '\n' '|' | sed 's/|$//'`

## GC的样本
gc_sample=`cat ${config_path}/tumor_normal.class.MSI.list  | awk -F'\t' '{OFS="\t"}{if($4~"GC")print $3 }' | \
tr '\n' '|' | sed 's/|$//'`

cat ${config_path}/tumor_normal.MSI.list > ${config_path}/tumor_normal.all.MSI.list
cat ${config_path}/tumor_normal.MSI.list | grep -E -w "${im_sample}|Tumor" > ${config_path}/tumor_normal.precancer.MSI.list
cat ${config_path}/tumor_normal.MSI.list | grep -E -w "${gc_sample}|Tumor" > ${config_path}/tumor_normal.cancer.MSI.list

####################################################################################
##################################### 突变负荷计算
## NJMU
## 使用QC的maf文件
## ${maf_path}/All_ForMutBurden.extract.MSI.maf
sh ${scripts_path}/mutBurden/mutBurden_getmaf.msi.sh

####################################################################################
#### CHAT
#### 计算CCF
sh ${scripts_path}/module/computeCCF.MSI.sh

####################################################################################
#### pyclone
#### 计算聚类
#### 基于单个样本
sh ${scripts_path}/module/computePyclone.SingleSample.MSI.sh

####################################################################################
#### Mutationtime
#### 计算突变时间
sh ${scripts_path}/module/computeMutaionTime.sh
